Sinampahan ng kasong kriminal noong Hulyo 10 ang tagapangulo ng Commission on Election na si George Garcia at iba pang komisyuner ng ahensya kaugnay sa malawakang elektronikong dayaan sa eleksyon noong Mayo 2025. Isinampa ang kaso ng mga obispo, retiradong heneral at mga lider ng civil society, kabilang sina Obispo Colin Bagaforo, Gerry Alminaza, Efraim Tendero, Roberto Gaa, mga retiradong heneral na sina Generoso Senga, Wilfredo Franco, at si Benjamin Magalong, meyor ng Baguio City.
Ayon sa isinampang kaso, iligal na pinalitan ng Comelec ang bersyon ng software ng ginamit sa mga Automated Counting Machine (ACMs), mula sa naawdit na bersyong 3.4.0 tungo sa di-naawdit na bersyong 3.5.0. Nabunyag ang pagpalit ng software isang araw bago ang botohan.
Inireklamo rin ng mga nagkaso ang iligal na paggamit ng Comelec sa isang hindi awtorisadong intermediary server na tinatawag na Data Center 3, na siyang nagtipon at nagproseso ng mga boto bago ipinadala sa limang Transparency Servers ng PPCRV, Namfrel, midya, at malalaking partidong pulitikal. Anila, sa server na ito nilinis o binura ng Comelec ang humigit-kumulang 55 milyong boto, bago ipinadala ang mga resulta sa transparency watchdogs o tagasubaybay ng botohan. Labag ito sa Cybercrime Prevention Act of 2012 (RA 10175).
Sinampahan nila si Garcia at mga komisyoner ng 110,000 counts ng system interference o pagbabago, pagharang, o pagmanipula sa operasyon ng isang computer system o network nang walang pahintulot o awtoridad. Katumbas ang bilang na ito sa ginamit na mga ACM. Sinampahan rin sila ng karagdagang mahigit 55 milyong counts ng system interference para sa 55,874,700 boto na idinaan ng Comelec sa Data Center 3. Isinampa nila sa NBI Anti-Fraud Division ang mga kaso dahil ito ang may pangunahing hurisdiksyon sa mga kasong ito.
Samantala, isinumite ng European Union Election Observation Mission (EU EOM) sa Comelec noong maagang bahagi ng Hulyo ang kanilang pinal na ulat na naglalaman ng malulubhang mga puna kaugnay sa integridad ng nagdaang eleksyon. Itinampok ng EU EOM, gayundin ng mga election observer mula sa International Coalition for Human Rights in the Philippines, ang laganap na mga anomalya tulad ng karahasan, vote-buying, at mga usapin ng voter secrecy na nagpahina sa integridad ng sistemang automated.
